万方数据库是国内知名的学术数据库之一，其查重原理主要是通过对上传的论文进行与数据库中已有论文的比对，判断是否存在相似内容。而知网查重则是利用先进的文本比对技术，检测论文中的文字与网络上已有的文献是否存在雷同部分。

万方数据库通过建立庞大的学术文献数据库，利用文本比对技术进行查重，保证学术论文的原创性和学术规范性。知网查重则是通过互联网上的文献资源，对上传的论文进行检测，防止抄袭和剽窃行为的发生。